首先在燃料上区分，将生物质能源作为燃料的锅炉称之为生物质锅炉。将生物质锅炉同燃煤锅炉的颗粒排放进行对比,对2个结构不同的锅炉进行试验分析,生物质锅炉采用的是秸秆和木质。而将煤、碳作为燃料的锅炉称之为燃煤锅炉。在锅炉治理环保的多项政策下，传统的燃煤锅炉退出了舞台，仅要求10吨以上锅炉除尘方面需达到我国环保要求，（灰尘、硫、硝的排放）。

从结构上看，生物质锅炉燃料因其热值较低，上料比煤炭量大，炉膛设计比燃煤锅炉大，炉拱高，一般配置二次鼓风，这样，生物质颗粒燃料才能充分燃烧，获得更高的热值，提高热效率。

从使用燃料上说，生物质锅炉既能燃烧生物质燃料，又能适应煤炭，而燃煤锅炉仅仅烧煤炭而已。

从环保上讲，生物质锅炉排放的仅仅有生物质颗粒燃烧后的灰尘，而燃煤锅炉除了细小的灰尘外，煤炭中的硫、硝也是大气污染的主要污染源。

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